Una de las principales características que ofrece MacroSeguridad con su token usb MS-IDProtect es que los emisores de tarjetas pueden ofrecer diferentes servicios ofrecidos por el Token simplemente eligiendo (haciendo el upload) diferentes aplicaciones antes o después de su emisión. MacroSeguridad.org ofrece un rango de aplicaciones optimizadas que proporcionan funcionalidades ICAO, PIV, PKI y Biometría Match-On-Card. Además, el emisor de tarjetas puede cargar su propia aplicación Java usando las funciones ofrecidas por los estándares abiertos Java Card y GlobalPlatform.

ICAO: da soporte para ICAO Doc 9303, la especificación para Documentos de Viaje Legibles por Máquina e implementa tanto "Basic Access Control (BAC)", Active Authentication (AA) así como Logical Data Structures (LDS).

PIV: La aplicación PIV junto con el middleware proporciona un soporte certificado por NIST para Federal Information Processing Standard (FIPS) 201 e implementa objetos de datos opcionales PIV tales como Imagen Facial del Poseedor de la Tarjeta, Información Impresa del Poseedor de la Tarjeta, Certificado X.509 para Firma Digital, Certificado X.509 para Administración de claves PIV y Certificado X.509 para Autenticación de Tarjetas.

PKI: La aplicación PKI de MS-IDProtect, LASER, junto con su middleware, proporciona soporte PKCS#11 y Microsoft CAPI pudiéndose integrar fácilmente con soluciones de seguridad de red y PKI. MacroSeguridad proporciona un Crypto Service Provider (CSP) por lo que se puede integrar con aplicaciones Microsoft Windows como Outlook, Internet Explorer, Mozilla Firefox y también con Windows 10, Windows 8, 7, Vista, XP, Windows Server 2003/2008/2012, Smart Card Logon, VPN, y Remote Terminal Services.

Aplicación Biométrica (Match-On-Card): Agrega funcionalidades de huella dactilar al emitir las tarjetas o posteriormente y cumple con Java Card Forum Biometry API.